Auf seine Bitte, am Leiden Jesu Anteil haben zu dürfen, wurde er im Jahre 1224 nach einem 40 Tage langen Fasten auf dem Berg La Verna stigmatisiert: der Gekreuzigte in Gestalt eines Seraphs, von sechs Seraphenflügeln überhöht und bedeckt, neigte sich zu ihm.

Seitdem trug Franziskus, vom Leidenserlebnis Christi durchdrungen, die Wundmale an Händen, Füßen und an der Seite. Er aber verheimlichte dies, sodass sie erst bei seinem Tod bekannt wurden. Dies war die erste bezeugte Stigmatisierung der Kirchengeschichte.

Darstellung der Stigmatisierung,
Fresko von Giotto in der Basilika von Assisi